La afinación consiste en equilibrar las frecuencias respectivas de cada una de las voces o lengüetas que se encuentran en los peines del bandoneón, conforme a un temperamento determinado. Este proceso se realiza utilizando diferentes técnicas, interviniendo directamente sobre las lengüetas (limado y ajuste del offset) y las válvulas de oclusión. Una afinación completa comprende la limpieza de voces y peines, el recambio de válvulas, así como también el reemplazo de voces defectuosas o cortadas.